Sekolah Menengah Pertama (SMPUT) Bumi Kartini diselenggarakan dengan sistem full-day school (sekolah sehari). Full-day school mengandung arti sistem pendidikan yang menerapkan pembelajaran atau kegiatan belajar mengajar sehari penuh dengan memadukan sistem pengajaran yang intensif untuk pendalaman materi pelajaran serta pengembangan diri dan kreatifitas. Pelaksanaan  pembelajaran di mulai pagi hingga sore hari, secara rutin sesuai dengan program pada tiap jenjang pendidikannya. Setiap hari peserta didik belajar mulai pukul 07.15 – 15.30 WIB, Layanan terbaik untuk mewujudkan fasilitas belajar adalah dengan kelas mini (small class) dimana satu kelas hanya diperuntukkan bagi 32 peserta didik. .   

Islamic Boarding

1. Pendidikan agama Islam yang intensif: Asrama menyediakan program tahfidz Quran, pengajian kitab kuning, dan berbagai kegiatan keagamaan lainnya.
2. Pembentukan karakter: Asrama menerapkan disiplin dan aturan yang Islami, serta membimbing santri untuk menjadi pribadi yang mandiri, bertanggung jawab, dan berakhlak mulia.
3. Pembinaan prestasi: Asrama menyediakan fasilitas belajar yang memadai dan program pembinaan olimpiade sains, bahasa, dan seni.
4. Lingkungan yang kondusif: Asrama menyediakan lingkungan yang aman, nyaman, dan kondusif untuk belajar dan beribadah.

• Practice English & Arabic

Di zaman globalisasi ini bahasa asing (Inggris dan Arab) sangat mutlak dikuasai. Interaksi dan pergaulan umat manusia antar negara dan bangsa di dunia mengharuskan generasi kita mampu berkomunikasi dengan bahasa dunia (Inggris). Sementara bahasa Arab sangat penting bagi pemahaman dan pengembangan quran dan ilmu-ilmu keagamaan lainnya. Program pembelajaran bahasa di SMPUT Bumi Kartini yaitu Bahasa Arab dan Bahasa Inggris ditekankan pada pembelajaran percakapan dalam kehidupan sehari-hari yang dikenal dengan program Practice English dan Arabic.

• Penilaian Berbasis Multiple Intelligence & Program Ekstrakurikuler

Setiap tahun SMPUT menyelenggarakan penganugerahan King & Queens ditingkat sekolah kepada siswa-siswa terbaik. Penilaian didasarkan pada kecerdasan majemuk (multiple intelligence) yang unik pada setiap anak. Setiap tahun setiap guru melakukan penilaian peserta didiknya dengan mengacu pada 8 kecerdasan yaitu kecerdasan linguistic, kecerdasan logic and math,  kecerdasan visual dan spasial, kecerdasan music, kecerdasan interpersonal, kecerdasan intrapersonal, kecerdasan kinestetik, dan kecerdasan spiritual. Penggalian kecerdasan dan pengembangannya dilakukan dengan menyediakan beragam kegiatan ekstrakurikuler yang terbagi dalam 3 jenis ekstrakurikuler  yaitu (1) esktrakurikuler wajib, (2) ekstrakurikuler seni, dan (3) ekstrakurikuler olah raga.

• Pendidikan Keagamaan berbasis Karakter

Pendidikan keagamaan di SMPUT Bumi Kartini diselenggarakan dengan menekankan pada proses pembiasaan ibadah dalam kehidupan sehari-hari. Kegiatannya yaitu sholat dhuha, penerapan pembelajaran diniyah (fiqih, hadist, akidah, ahlak, dan tarikh),  istighotsah, shalat dhuhur berjamaah. Selain kegiatan ibadah rutin setiap hari, siswa SMP Unggulan Terpadu Bumi Kartini juga dibiasakan untuk melaksanakan peringatan hari besar islam seperti: Baksos & Zakat Fitrah, Idul Qurban, Tahun Baru Islam, Maulid Nabi Muhammad SAW, Pesantren Ramadhan, Isro’ Mi’roj.

• Metode Inquiry – Active Learning

Proses pembelajaran di kelas menggunakan metode inquiry dimana peserta didik diberi kesempatan seluasnya untuk mengeklorasi materi yang diudar oleh guru dan menermukan makna setiap materi dengan tehnik dan pendekatan yang menantang dan menyenangkan. Pendekatan student centered (pembelajaran berpusat pada anak) menjadi mindset guru-guru SMPUT Bumi Kartini dalam mendampingi, fasilitasi serta mengembangkan potensi yang dimiliki peserta didik. Metode belajar beragam, penataan kelas dan tempat duduk siswa bervariasi, pajangan karya siswa, outing class, studi visit luar kota dan tenik belajar lain yang disukai peserta didik,  Dengan metode PAKEM (Pembelajaran Aktif, Kreatif, Efektif, Menyenangkan) setiap guru dan peserta didik menghasilkan karya-karya pembelajaran yang mendukung pencapaian proses akhir secara kualitatif berupa portofolio maupun berprestasi dalam penilaian akhir ujian.

• Program Olimpiade

Olimpiade MTK, IPA dan IPS  adalah kompetisi mapel yang menguji kemampuan siswa-siswi terbaik. Secara umum pelaksanaan Olimpiade bertujuan meningkatkan mutu pendidikan secara komprehensif melalui penumbuhkembangan budaya belajar, kreatifitas, dan motivasi meraih prestasi terbaik dengan kompetisi yang sehat serta menjunjung nilai – nilai sportivitas. Adapun manfaat olimpiade adalah menumbuhkan dan mengembangkan intuisi mata pelajaran yang dapat bermanfaat dalam kehidupan sehari – hari, menumbuhkan dan mengembangkan rasa cinta terhadap matematika, IPA dan IPS memperkenalkan pada siswa beberapa ide penting, menumbuhkan semangat pantang menyerah, memberikan kesempatan kepada siswa untuk mendapatkan sahabat dari berbagai kota dan negara, memberikan peluang bagi siswa untuk mendapatkan beasiswa dari sekolah yang tinggi dan bermutu. Kegiatan bimbingan olimpiade matematika di SMP Unggulan Terpadu Bumi Kartini dilakukan selama 2x seminggu selama 1,5 jam per pertemuannya.

• Kegiatan Jumat Bersih

Sekolah bersih dan sehat merupakan salah satu program untuk meningkatkan kualitas pendidikan dan prestasi belajar peserta didik. Program ini dilaksanakan melalui penciptaan lingkungan sekolah yang bersih dan sehat, peningkatan pengetahuan, perubahan perilaku, serta pemeliharan kebersihan dan kesehatan yang pada akhirnya dapat menciptakan sebuah budaya, yaitu budaya bersih dan sehat. Kegiatan sekolah bersih dilingkungan sekolah dilaksanakan dalam rangka membentuk karakter individu yang peduli terhadap lingkungan bersih dan sehat. Melalui pembiasaan sekolah bersih diharapkan seluruh anggota sekolah terbiasa untuk menjaga kebersihan dan kesehatan lingkungan yang pada akhirnya dapat menciptakan sebuah budaya yaitu budaya bersih dan sehat. Kegiatan tersebut dilaksanakan setiap 2 minggu sekali, pada hari Jum’at diikuti oleh semua siswa, guru, dan karyawan.

• Reading Culture

Program budaya baca bagi anggota komunitas SMPUT Bumi Kartini penting untuk membangun tradisi membaca sejak dini. Data UNICEF menunjukkan tingkat budaya baca orang Indonesia sangat rendah dengan analogi diantara 1000 orang hanya 1 orang saja yang membaca. Betapa pentingnya membaca ditanamkan sejak dini sebagaimana motto membaca adalah jendela dunia, bahkan sebuah buku ibarat setetes air di tengah lautan. SMPUT Bumi Kartini menumbuhkan minat baca sejak kelas awal yang dterapkan 15 menit pagi hari diawal pelajaran, program sudut baca setiap kelas, kunjungan mobil pintar dari Perpustakaan Daerah Kab. Jepara, membaca bersama wali murid setiap 2 bulan, dan layanan perpustakaan yang diintegrasikan dalam mata pelajaran rutin setiap minggu sekali.

Kegiatan Senam Sehat

Untuk membiasakan hidup yang sehat dan memberikan penyegaran, setiap 2 minggu sekali yaitu pada hari Jum’at dilaksanakan senam kesegaran jasmani yang diikuti oleh seluruh siswa, guru, dan karyawan. Gerakan-gerakan pada senam pagi selain melatih otot-otot pada tubuh juga melatih gerakan motorik pada anak. Dengan gerakan motorik yang terlatih, diharapkan anak -dalam hal ini siswa- dapat lebih terampil dan kreatif dalam melakukan aktifitas sekolah sehari-hari.Selain itu, gerakan senam pagi juga dapat melancarkan peredaran darah sehingga siswa lebih sehat dan segar, mencegah siswa agar tidak mengantuk dan bermalas-malasan di kelas.